マサトによるとこちらでメタロイドが起こした騒動に気を取られているうちに、
亜空間に貯蔵してあったエネトロンを全てヴァグラスに奪われてしまったとのこと。
どうやらそのエネトロンは、メサイアの進化のため、メサイアが実体を持つために必要らしく・・・。
更には、亜空間からゴーバスターズへ通信が！？
そして黒木司令官は、これまでにない、重大な特命をゴーバスターズに下す。
「特命、亜空間へ行き、メサイアをシャットダウンせよ」！？
マサトが未だ話していなかった亜空間の真実とは！？
ヒロムの父と母、ヨーコの母は生きているのか！？
数々の謎をはらみながら、最終回は先なのに物語はついに最終決戦に突入していく・・・。


Mission28　ニワトリに注意せよ！（9/2）
脚本：小林靖子　監督：柴崎貴行
スプレーロイド２、スプレーゾード２登場
ヒロムの姉であるリカがまたも登場。
リカが挿絵を描いた絵本が受賞したため、そのパーティに出席するために東京にやって来たようなのだが・・・。
どうやら様子がおかしいようで・・・！？

Mission29　亜空間への突入（9/9）
脚本：小林靖子　監督：佛田洋
メサイアセル、再生メタロイド登場

Mission30　メサイア　シャットダウン（9/16）
脚本：小林靖子　監督：佛田洋
メサイアセル、再生メタロイド、メガゾードε登場

Mission31　宇宙刑事ギャバン現る（仮）（9/23）
脚本：下山健人　監督：渡辺勝也
ライノダブラー、ダンガンロイド２、ダンガンゾード２登場
謎のエネルギー反応を発見したゴーバスターズたちが急行した先には、
正体不明の怪人・ライノダブラーに追われているシェリーと名乗る女性が。
彼女を助けたゴーバスターズは、銀河連邦警察の宇宙刑事と宇宙犯罪組織マクーの事を知ることとなる！
更には、メタロイドも登場、ギャバンこと十文字撃とヒロムが激突し、
シェリーとヨーコが・・・。

Mission32（9/30）
脚本：下山健人　監督：渡辺勝也
ライノダブラー、巨大ライノダブラー登場