４６話　新たな融合と熱暴走！（1/13）
脚本：小林靖子　監督：渡辺勝也
リュウジは、基地内にあるトレーニングルームにいた。
しかし、いつもと違い、トレーニングに身が入っていなかった。
ヒロムがその理由を尋ねると、ヨーコにウザいと言われてしまったのだと言う。
リュウジはメサイアとの戦いが終わった後に、もう一度高校に編入し、
勉強をし直すのがよいとヨーコに勧めたらしい。
あくまでヨーコのためを思っての発言だったのだが、
ヒロムにもそれはウザいと言われてしまう。
一方、黒木たちは未だに見つかっていない、最後の１３番目のメサイアカードを必死に探していた。

４７話　リセットとバックアップ（1/20）
脚本：小林靖子　監督：渡辺勝也
メサイアのプログラムを、自らの体に取り込んでいたエンター。
ついに無機物だけではなく、花や虫など有機物の融合をも取り込み可能にしていた。
更に、エンターは何故かヒロムのウイークポイントを知っていた。
エンターとの戦闘中にヒロムがフリーズさせられてしまい、ゴーバスターズはひとまず退却する。
基地ではヒロムがウイークポイントを克服するべく、様々な訓練を始める。

４８話（1/27）
脚本：小林靖子　監督：加藤弘之
今までエンターが集めてきた、全てのデータが集まっているという１３番目のメサイアカードは、
意外な所に隠されていた。
その事実を知り、驚愕するヒロムたちは、
これまでエンターが自分たちにとどめを刺さなかった理由を理解する。
そんな中、エンターは再び、エスケイプをデータの塊の中から復活させていた。
エスケイプは甦るが、やはり今までとは様子がどこか違っていて・・・。

４９話（2/3）
脚本：小林靖子　監督：柴崎貴行