Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan.
武漢を訪れた後に非定型肺炎を発症した患者から分離した2019新型ヒト病原性コロナウィルスのゲノム特性
Chan JF, et al. Emerg Microbes Infect. 2020.
Abstract 抄録
A mysterious outbreak of atypical pneumonia in late 2019 was traced to a seafood wholesale market in Wuhan of China.
2019年末の非定型肺炎の謎に満ちたアウトブレイクは、中国武漢の海鮮卸売り市場に端を発した
Within a few weeks, a novel coronavirus tentatively named as 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) was announced by the World Health Organization.
数週間以内に2019新型コロナウィルス(2019-nCoV)と仮に名付けられた新しいコロナウィルスが世界保健機関によって発表された
We performed bioinformatics analysis on a virus genome from a patient with 2019-nCoV infection and compared it with other related coronavirus genomes.
2019-nCoV感染患者からのウィルスゲノムにおいてバイオインフォマティクス分析を実施し
他の関連コロナウィルスゲノムと比較した
Overall, the genome of 2019-nCoV has 89% nucleotide identity with bat SARS-like-CoVZXC21 and 82% with that of human SARS-CoV.
全体的に2019-nCoVゲノムは
コウモリSARS様CoVZXC21と89%のヌクレオチド配列同一性を持ち
ヒトSARS-CoVと82%のヌクレオチド配列同一性を持っていた
The phylogenetic trees of their orf1a/b, Spike, Envelope, Membrane and Nucleoprotein also clustered closely with those of the bat, civet and human SARS coronaviruses.
それらのorf1a/b,、スパイク、エンベロープ、膜、核タンパク質、の系統樹もまたコウモリ、ジャコウネコ、およびヒトSARSコロナウィルスと密接にかさなっていた
However, the external subdomain of Spike's receptor binding domain of 2019-nCoV shares only 40% amino acid identity with other SARS-related coronaviruses.
しかしながら2019-nCoVのスパイクの受容体結合ドメインの外側サブドメインは、他の
SARS関連コロナウィルスと40%しかアミノ酸同一性を共有しない
Remarkably, its orf3b encodes a completely novel short protein.
驚くことに、orf3bは完全に新型の短いタンパク質をコードしている
Furthermore, its new orf8 likely encodes a secreted protein with an alpha-helix, following with a beta-sheet(s) containing six strands.
さらにその上、新型のorf8は、αヘリックスの分泌タンパク質をコードし
6本のストランドを含むβ-シートが続く可能性が高い
Learning from the roles of civet in SARS and camel in MERS, hunting for the animal source of 2019-nCoV and its more ancestral virus would be important for understanding the origin and evolution of this novel lineage B betacoronavirus.
SARSにおけるジャコウネコとMERSにおけるラクダの影響から学び、
2019-nCoV の起源の動物をつかみ、
それよりより先祖のウィルスを探すことは
この新系統Bβコロナウィルスの起源と進化を
解明するために重要だ
These findings provide the basis for starting further studies on the pathogenesis, and optimizing the design of diagnostic, antiviral and vaccination strategies for this emerging infection.
これらの知見は、この新興感染症に対する、
病因のさらなる研究の開始および、
診断的、ウィルス薬およびワクチン戦略の
最適化の基礎を提供するものだ
･････････････
In summary, 2019-nCoV is a novel lineage B Betacoronavirus closely related to bat SARS-related coronaviruses.
要約すると2019-nCoVはコウモリSARS関連コロナウィルスに密接に関係した新規の系統Bβコロナウィルスだ
It also has unique genomic features which deserves further investigation to ascertain their roles in viral replication cycle and pathogenesis.
ウィルス複製サイクルと病因を確認するために、さらなる調査にふさわしい
特有のゲノムの特徴ももつ
More animal sampling to determine its natural animal reservoir and intermediate animal host in the market is important.
天然の動物のリザーバーと市場の中間動物宿主を決定するためにより多くの動物のサンプリングが重要だ
This will shed light on the evolutionary history of this emerging coronavirus which has jumped into human after the other two zoonotic Betacoroanviruses, SARS-CoV and MERS-CoV.
これは、他の2つの人畜共通感染症SARS/CoVとMERS-CoVの後にヒトに飛び込んだこの
新興コロナウィルスの進化の歴史に光をあてる可能性がある
･････････････
ヒトへの直接原因動物はわからない ヘビという論文もあり
[Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human
新たに同定されたコロナウィルスのスパイク糖タンパク質内の相同組換えは、ヘビからヒトへの種を超えた伝搬を増強する可能性がある]
武漢を訪れた後に非定型肺炎を発症した患者から分離した2019新型ヒト病原性コロナウィルスのゲノム特性
Chan JF, et al. Emerg Microbes Infect. 2020.
Abstract 抄録
A mysterious outbreak of atypical pneumonia in late 2019 was traced to a seafood wholesale market in Wuhan of China.
2019年末の非定型肺炎の謎に満ちたアウトブレイクは、中国武漢の海鮮卸売り市場に端を発した
Within a few weeks, a novel coronavirus tentatively named as 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) was announced by the World Health Organization.
数週間以内に2019新型コロナウィルス(2019-nCoV)と仮に名付けられた新しいコロナウィルスが世界保健機関によって発表された
We performed bioinformatics analysis on a virus genome from a patient with 2019-nCoV infection and compared it with other related coronavirus genomes.
2019-nCoV感染患者からのウィルスゲノムにおいてバイオインフォマティクス分析を実施し
他の関連コロナウィルスゲノムと比較した
Overall, the genome of 2019-nCoV has 89% nucleotide identity with bat SARS-like-CoVZXC21 and 82% with that of human SARS-CoV.
全体的に2019-nCoVゲノムは
コウモリSARS様CoVZXC21と89%のヌクレオチド配列同一性を持ち
ヒトSARS-CoVと82%のヌクレオチド配列同一性を持っていた
The phylogenetic trees of their orf1a/b, Spike, Envelope, Membrane and Nucleoprotein also clustered closely with those of the bat, civet and human SARS coronaviruses.
それらのorf1a/b,、スパイク、エンベロープ、膜、核タンパク質、の系統樹もまたコウモリ、ジャコウネコ、およびヒトSARSコロナウィルスと密接にかさなっていた
However, the external subdomain of Spike's receptor binding domain of 2019-nCoV shares only 40% amino acid identity with other SARS-related coronaviruses.
しかしながら2019-nCoVのスパイクの受容体結合ドメインの外側サブドメインは、他の
SARS関連コロナウィルスと40%しかアミノ酸同一性を共有しない
Remarkably, its orf3b encodes a completely novel short protein.
驚くことに、orf3bは完全に新型の短いタンパク質をコードしている
Furthermore, its new orf8 likely encodes a secreted protein with an alpha-helix, following with a beta-sheet(s) containing six strands.
さらにその上、新型のorf8は、αヘリックスの分泌タンパク質をコードし
6本のストランドを含むβ-シートが続く可能性が高い
Learning from the roles of civet in SARS and camel in MERS, hunting for the animal source of 2019-nCoV and its more ancestral virus would be important for understanding the origin and evolution of this novel lineage B betacoronavirus.
SARSにおけるジャコウネコとMERSにおけるラクダの影響から学び、
2019-nCoV の起源の動物をつかみ、
それよりより先祖のウィルスを探すことは
この新系統Bβコロナウィルスの起源と進化を
解明するために重要だ
These findings provide the basis for starting further studies on the pathogenesis, and optimizing the design of diagnostic, antiviral and vaccination strategies for this emerging infection.
これらの知見は、この新興感染症に対する、
病因のさらなる研究の開始および、
診断的、ウィルス薬およびワクチン戦略の
最適化の基礎を提供するものだ
･････････････
In summary, 2019-nCoV is a novel lineage B Betacoronavirus closely related to bat SARS-related coronaviruses.
要約すると2019-nCoVはコウモリSARS関連コロナウィルスに密接に関係した新規の系統Bβコロナウィルスだ
It also has unique genomic features which deserves further investigation to ascertain their roles in viral replication cycle and pathogenesis.
ウィルス複製サイクルと病因を確認するために、さらなる調査にふさわしい
特有のゲノムの特徴ももつ
More animal sampling to determine its natural animal reservoir and intermediate animal host in the market is important.
天然の動物のリザーバーと市場の中間動物宿主を決定するためにより多くの動物のサンプリングが重要だ
This will shed light on the evolutionary history of this emerging coronavirus which has jumped into human after the other two zoonotic Betacoroanviruses, SARS-CoV and MERS-CoV.
これは、他の2つの人畜共通感染症SARS/CoVとMERS-CoVの後にヒトに飛び込んだこの
新興コロナウィルスの進化の歴史に光をあてる可能性がある
･････････････
ヒトへの直接原因動物はわからない ヘビという論文もあり
[Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human
新たに同定されたコロナウィルスのスパイク糖タンパク質内の相同組換えは、ヘビからヒトへの種を超えた伝搬を増強する可能性がある]