世界史と大きく違うことは書けないので、そんなに面白い記事にはならないかな…
①通史
②通史並行問題集
③一問一答
④演習用問題集（私大・センター・総合問題集）
⑤中小論述
⑥論述
①通史
【参考書】
教科書
『石川晶康日本史B講義の実況中継』（語学春秋社）
『金谷の「なぜ」と「流れ」がわかる本』（東進ブックス）
『野島の日本史B最速要点チェック』（東進ブックス）
『学習まんが日本の歴史』（集英社）
『教科書よりやさしい日本史』（旺文社）
『詳説日本史研究』（山川出版）
図説・資料集
世界史と同じく、教科書が最善の通史の参考書でしょう。問題集・過去問の演習の際にカンニングするものとして使うのは教科書にしましょう。解説読んで初耳の知識があったときに、教科書より細かい参考書や用語集に頼りましょう。
『石川講義の実況中継』『「なぜ」と「流れ」』『最速要点チェック』が有名どころの講義調の参考書でしょう。
講義調の参考書でも苦しいという人は漫画や、1冊で通史を一通り眺められる参考書でざっくり全体像を捉えましょう。日本史であれば、漫画でも政治史をざっくり抑えられるのではないでしょうか。もちろん、それだけで通史を終わらせるのは心もとないですが。
また、通史の学習には必ず図説・資料集を横に置きましょう。これも世界史と同じです。特に文化史に関しては必ず参照しましょう。センターでも写真や絵を使った問題が出ますし、何よりも、視覚的なイメージを持っているか否かは文化史の理解において重要でしょう。ただ「霊廟建築や権現造には、桃山文化の影響を受けた豪華な装飾彫刻がほどこされた。」と書かれたのを文章で覚えているよりも、文章に加え写真や絵を見ている方が理解は深いですよね。
（どうでもいいけど……修学旅行で奈良・京都に行ったときに日本史の図説を持ってきていた友達がいたんですが、図説と並べて実物を眺めると妙に感動するものですよ）
②通史並行問題集
【問題集】
『時代と流れで覚える！日本史B用語』（文英堂）
『受験スイッチが入る日本史B基礎づくり』（旺文社）
『はじめる日本史要点&演習』（Z会出版）
これも世界史と同じく、学校のワーク形式の基本問題集です。
一番オススメなのは『時代と流れで覚える』です。各単元前半のまとめに図表が多いからです。
『基礎づくり』は問題数が気持ち少ないような…
『はじめる』は前半の授業プリントのようなまとめを赤シートで隠して使えば穴埋め形式と同じ効果がありそうですが、純粋な問題形式の問題数が少ない気がします。
正直どれでも同じ効果の気がしますけども…
③一問一答
【問題集】
『山川一問一答日本史』（山川出版）
『センター攻略よくでる一問一答日本史』（山川出版）
『日本史B一問一答完全版2nd edition』（東進ブックス）
『入試に出る日本史B一問一答』（Z会出版）
『山川』『よくでる』はクイズ形式、『東進一問一答』『入試に出る』は穴埋め形式という違いはありますが、どれでもいいのではないでしょうか。
使い方としては、単語帳のように、寝る前や空き時間でコツコツやっていくのがいいと思います。
④演習用問題集（私大・センター・総合問題集）
【問題集】
『センター試験への道日本史問題と解説』（山川出版）
『短期攻略センター日本史B』（駿台文庫）
『日本史B標準問題精講』（旺文社）
『実力をつける日本史100題』（Z会出版）
『体系日本史』（教学社）
『徹底攻略GMARCHの日本史』（駿台文庫）
『関関同立大日本史』（河合出版）
『慶應大日本史』（河合出版）
『早稲田大日本史』（河合出版）
『センター試験への道』『短期攻略』はそれぞれ単元別・テーマ別にセンター形式の問題をまとめています。形式はセンターですが、リード文がないがあって本番とは違うので、そこは注意。
総合問題集としては『標問』『実力をつける』『体系日本史』が挙げられますが、どれもそこそこ難しめのはずです。一問一答等での基礎知識の確認を並行しましょう。
志望校・志望大学群が決まっているなら『GMARCH』『関関同立』『慶應』『早稲田』などの対象を絞った問題集を使うのもいいでしょう。
⑤中小論述
【問題集】
『日本史論述問題集』（山川出版）
『書いてまとめる日本史』（河合出版）
『日本史の論点』（駿台文庫）※追記
『日本史論述問題集』『書いてまとめる』は世界史でいう中小論述にあたるような問題集です。『日本史論述問題集』の方は、入試対策というよりも各時代の重要事項を論述を通して理解することを目的とした問題集というイメージです。
※追記
この記事を書いてからものすごい参考書が出ました。『日本史の論点』です。
典型的な論点に関して、中小論述の参考書として問い＆解答のストックを作れつつ、各テーマに沿って日本史を学べます。
⑥論述
【問題集】
『考える日本史論述』（河合出版）
『日本史論述研究―実戦と分析―』（駿台文庫）
『東大日本史問題演習』（東進ブックス）
各時代の論述テーマを網羅しつつ、本格的な論述問題の対策は『考える日本史論述』『日本史論述研究』が代表的です。
『考える日本史論述』は冒頭に論述問題に対する基本的な考え方や、問題の型ごとの解き方に触れた問題集です。
『日本史論述研究』は東大・一橋の過去問と実戦模試のみで構成されているので、論述対策でもレベルが高いです。解説に問題の解答への道筋だけでなく、時代ごとの概観的な解説もついていることがあります。
『東大日本史問題演習』は、前半で東大の過去問で頻出のテーマを少数の問題で扱い、後半では東大形式の予想問題を使い演習を重ねられます。